Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZNRD1ASP-217ENST00000437417 1497 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TMBIM4-205ENST00000535812 766 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TMBIM4-212ENST00000556010 610 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC092978.1-201ENST00000474979 1309 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC092978.1-202ENST00000637590 1327 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms