Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC87Q9NVE4 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LAMA5-AS1-203ENST00000478167 690 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms