Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ECSIT-209ENST00000591104 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
TCOF1Q13428 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
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