Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CHMP3Q9Y3E7 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms