Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG1P18858 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms