Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC20.14■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms