Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP28Q96RU2 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms