Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BFSP2-201ENST00000302334 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 STAT5A-201ENST00000345506 4301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms