Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CCL25-201ENST00000253451 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 DERL2-202ENST00000570848 657 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC099795.1-202ENST00000640492 759 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 MEIKIN-203ENST00000442687 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC87Q9NVE4 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.2 ms