Protein–RNA interactions for Protein: Q96JB5

CDK5RAP3, CDK5 regulatory subunit-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDK5RAP3Q96JB5 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 BNIP2-201ENST00000267859 6325 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 PHLDB1-223ENST00000600882 5479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CDK5RAP3Q96JB5 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms