Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
COL4A3Q01955 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms