Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 SUPT20HL2-201ENST00000486479 2409 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
VPS54Q9P1Q0 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.4 ms