Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SDC1P18827 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SDC1P18827 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms