Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TCOF1Q13428 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
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