Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PCSK6-221ENST00000632686 1210 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
COL4A3Q01955 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms