Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
HOXC9P31274 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HOXC9P31274 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms