Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NCAPD2-201ENST00000315579 5548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
SHMT2P34897 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms