Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CCDC9Q9Y3X0 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.5 ms