Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD1-201ENST00000371360 785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC9Q9Y3X0 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms