Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD4P09016 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms