Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
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USP53Q70EK8 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
USP53Q70EK8 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
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