Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ATG4BQ9Y4P1 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms