Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TACR3-201ENST00000304883 5190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
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ZNF540Q8NDQ6 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ZNF540Q8NDQ6 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
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