Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
TRIM28Q13263 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
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