Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CUX1P39880 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
CUX1P39880 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
CUX1P39880 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 RBM24-203ENST00000425446 1034 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CUX1P39880 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CUX1P39880 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CUX1P39880 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms