Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AL157385.1-201ENST00000446973 268 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MTND2P6-201ENST00000455337 1030 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC034231.1-201ENST00000507251 537 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC027117.1-201ENST00000520646 667 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC025437.3-201ENST00000523178 771 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LINC01440-205ENST00000608080 737 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC107905.1-201ENST00000616204 426 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SMN2-216ENST00000638794 846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SIRT4-201ENST00000202967 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 OR4F4-201ENST00000326183 1054 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 BTBD9-AS1-201ENST00000412822 560 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC234781.1-201ENST00000444722 459 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 Z83846.1-201ENST00000446798 265 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LINC00911-201ENST00000555272 546 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC115522.1-201ENST00000595680 556 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CLIC1-210ENST00000616760 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CU638689.1-201ENST00000623225 897 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 CU634019.4-201ENST00000623347 897 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSH5O43196 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 OR6K3-202ENST00000368146 996 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC015923.1-201ENST00000435892 305 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 BIRC6-AS1-201ENST00000455572 697 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC108136.1-201ENST00000530350 631 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AL589182.1-202ENST00000548416 533 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC073534.2-201ENST00000620377 381 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSH5O43196 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
MSH5O43196 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms