Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SNX29P1-201ENST00000548357 1007 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CCDC9Q9Y3X0 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 XRCC3-210ENST00000554974 575 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CCDC9Q9Y3X0 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.1 ms