Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
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