Protein–RNA interactions for Protein: O43490

PROM1, Prominin-1, humanhuman

Predictions only

Length 865 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PROM1O43490 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PROM1O43490 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
PROM1O43490 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PROM1O43490 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms