Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC32.45■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC32.45■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC32.43■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC32.42■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC32.42■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC32.4■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC32.39■■■□□ 2.78
CCDC9Q9Y3X0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC32.38■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC32.35■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC32.33■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC32.32■■■□□ 2.77
CCDC9Q9Y3X0 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC32.31■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC32.3■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CCDC9Q9Y3X0 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms