Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms