Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
VPS54Q9P1Q0 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.6 ms