Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP3Q9Y3E7 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
CHMP3Q9Y3E7 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms