Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
DKK3Q9UBP4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
DKK3Q9UBP4 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms