Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms