Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SSH1-201ENST00000326470 2432 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMCH1Q9UPQ0 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms