Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
VPS4AQ9UN37 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
VPS4AQ9UN37 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.1 ms