Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms