Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
USP28Q96RU2 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC19.56■□□□□ 0.72
USP28Q96RU2 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms