Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXD4P09016 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54 ms