Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SERPINA7P1-201ENST00000443077 631 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
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