Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LRRC30-201ENST00000383467 923 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CUX1P39880 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
CUX1P39880 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC28.39■■■□□ 2.13
CUX1P39880 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CUX1P39880 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms