Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
SKA3Q8IX90 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms