Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCDC87Q9NVE4 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms