Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
VPS54Q9P1Q0 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms