Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ATG3Q9NT62 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
ATG3Q9NT62 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms