Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms