Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SDC1P18827 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
SDC1P18827 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms