Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMCH1Q9UPQ0 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms