Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
VPS39Q96JC1 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms